Το Λύκειον των Ελληνίδων είναι διαρθρωμένο σε τμήματα, τα οποία συστάθηκαν για την πληρέστερη επίτευξη των πολλαπλών σκοπών του.
Στο Καταστατικό του 1911 περιλαμβάνονταν μόλις 4 τμήματα τα οποία διακρίνονταν σε επιμέρους εφορείες. Σε μία δεκαετία τα τμήματα τριπλασιάστηκαν είτε με τη σύσταση νέων ή με τη μετατροπή εφορειών σε τμήματα. Η διαδικασία αυτή συνεχίστηκε σε όλη την περίοδο του Μεσοπολέμου με τη σύσταση νέων τμημάτων, πολλά από τα οποία ήταν βραχύβια ή πολύ σύντομα άλλαζαν ονομασία.
Από τη δεκαετία του 1950 και εξής, τα τμήματα παρουσιάζουν μεγαλύτερη διάρκεια ύπαρξης, ενώ η σύσταση, μετονομασία ή διάλυση κάποιου εγκρινόταν από τη Γενική Συνέλευση και ακολουθούσε τροποποίηση του Καταστατικού του σωματείου.
Σήμερα το ΛτΕ είναι διαρθρωμένο σε 22 τμήματα.
